はい、ございます。
セキュリティ対策や独自の仕様により、一例として以下の条件に当てはまるアプリは診断が実行できない（または診断範囲が制限される）可能性がございます。
- iOS専用のアプリ
- エミュレーター検知機能が有効化されているアプリ
- AndroidのProxy設定を無効化しているアプリ
- AWS（クラウド）からのアクセスを制限しているアプリ
- AeyeScanの自動巡回を阻害する仕組み（reCAPTCHA等）が有効なアプリ
- 不正防止・改ざん検知の仕組み（Play Integrity API）を利用しているアプリ