二段階認証が有効なAndroidアプリは、初期設定（デフォルト状態）のままでは診断できませんが、「アプリの初期設定」機能を活用し、事前設定を行うことで対応可能です。
「アプリの初期設定」機能は、登録したapkファイルをエミュレータ上で起動し、手動でアプリ操作した状態を保存することが可能な機能です。
この機能を活用し、手動操作でログイン済みの状態を作成・保持していただくことで、二段階認証や多要素認証などのツールの対応が難しい仕組みがある場合でも診断が実施できます。
「アプリの初期設定」の利用イメージは以下のFAQもご参考ください。
https://www.aeyescan.help/hc/ja/articles/62216609947801